Un des secteurs de recherche les plus excitants de la microbiologie environnementale est la biodiversité et l’écologie des virus dans les lacs, les rivières et les océans. Les virus sont les particules biologiques les plus abondantes dans
les écosystèmes aquatiques. Chaque litre d’eau d’un lac ou de la mer contiendra typiquement plus de 10 milliards de virus, renfermant
ainsi une myriade de types différents. Puisqu’ils ont une structure relativement simple tout en étant biologiquement efficace,
les virus peuvent être considérés comme une des plus élégantes formes de vie réussie dans la biosphère. Chaque particule virale
comprend un ensemble compact d’instructions qui sont encodées par des acides nucléiques et emmagasinées à l’intérieur d’un
revêtement de protéines. Une fois que ces instructions sont injectées par le virus dans la cellule hôte, elles peuvent demeurer
innofensives comme faisant parti du génome de l’hôte, ou elles peuvent reprogrammer l’hôte et répliquer encore plus de particules
virales, particules qui sont ensuite relâchées dans le milieu environnant. Dans les écosystèmes naturels, les virus jouent
de multiples rôles dans l’échange du matériel génétique chez les microorganismes, dans le contrôle des populations des
hôtes qu’ils attaquent, et dans les cycles biogéochimiques du carbone et des autres éléments.
Micrographie électronique d’une variété de virus trouvés dans la mer. De: ce site Web
"Les virus existent qu’importe l’endroit où la vie se retrouve. Ils sont une cause majeure de mortalité, un vecteur des cycles biogéochimiques et un réservoir de la plus grande diversité génétique sur Terre. Dans les océans, les virus infectent probablement toutes les formes de vie, des bactéries aux baleines. Ils affectent les formes disponibles de nutriments et initient la fin des floraisons algales. Les virus peuvent se déplacer entre les réservoirs marins et terrestres, faisant naître le spectre des pathogènes émergeants. Notre compréhension des effets des virus sur les systèmes et les processus globaux continue de s’épanouir, renversant l’idée que les virus et les processus qu’ils influencent ne soient que les à-côtés des processus globaux." Suttle (2005)